Mary s'installe à la campagne chez sa grand-tante, Charlotte, le temps des vacances d'été. Dans un si petit village et sans amis, elle ne tarde pas à s'ennuyer. Au cours de l'une de ses promenades dans la forêt, elle rencontre deux chats mystérieux qui la conduisent jusqu'à une fleur extraordinaire. Autrefois dérobée au monde des sorcières, cette fleur bleue très rare est interdite et peut s'avérer très dangereuse si elle tombe entre de mauvaises mains. Sur son balai volant, Mary va alors explorer Endor, un monde inconnu au-delà des nuages. Elle y découvre les tristes expériences du docteur Dee.