Momo Miyaura est une jeune fille de 11 ans timide et pleine d'imagination. Son père vient de mourir, laissant derrière lui un grand vide, ainsi qu'une lettre inachevée contenant seulement deux mots : " Chère Momo ". Après sa disparition, Momo part s'installer avec sa mère sur une petite île reculée en pleine campagne, loin de Tokyo, de la maison qui l'a vue grandir et de ses habitudes. Dans ce nouvel environnement, hostile, l'adolescente ne se sent pas chez elle. Peu à peu, des événements étranges se produisent sur l'île, d'ordinaire paisible. Les vergers sont mis à sac par un inconnu, et les effets personnels des habitants disparaissent. Momo tente alors de découvrir la source de ces perturbations, qui la conduisent jusque dans le grenier de la maison...