Le colonel Thursday est envoyé dans l'Arizona pour prendre le commandement de Fort Apache, une petite garnison perdue dans le désert. Aigri par la perte de son grade de général, Thursday espère retrouver la gloire dans ce Far West encore sauvage. Le chef indien Cochise a conduit sa tribu au Mexique. Thursday pense qu'en ramenant les Apaches en terre américaine, il sera remarqué par Washington. Dès son arrivée au fort, il s'oppose au capitaine York, un homme de terrain, pétri d'humanisme et de respect pour les Indiens. York supporte mal l'extrême rigidité de son supérieur, mais n'a aucun moyen de contrer ses initiatives, de plus en plus dangereuses.