Un temple érigé par Alexandre le Grand est retrouvé quelque part au fond de la mer. Lara Croft se rend sur le site, où elle découvre un globe lumineux. Mais l'objet lui est dérobé par des Chinois. Lara retourne dans son manoir, où des messagers du MI6 lui révèlent que les voleurs sont des membres de la mafia chinoise envoyés par un scientifique, le docteur Reiss. Celui-ci ferait partie d'un réseau de trafiquants d'armes et le globe lumineux serait en réalité une carte qui révélerait la localisation de la boîte de Pandore. Or, si cette boîte venait à être ouverte, elle pourrait anéantir l'humanité. Pour retrouver le globe, Lara sera secondée par Terry Sheridan, ex-agent du MI6.