Venu à Moscou pour rencontrer la fille du politicien Nevski, Jason Bourne, un ancien agent de la CIA, est traqué par un tueur envoyé par ses ex-employeurs. Ceux-ci ont par ailleurs utilisé ses empreintes pour l'impliquer dans l'élimination d'un indicateur qui allait les confondre à Berlin. L'agent Pamela Landy, qui ignore ces manipulations, est mandatée pour arrêter et, s'il le faut, éliminer Bourne. Elle reste persuadée que Bourne est innocent de tout ce qu'on lui reproche. Après avoir pris contact avec un journaliste anglais, qui a bénéficié de fuites provenant d'un agent américain, Bourne remonte la piste et se retrouve à Madrid, avant de rejoindre Tanger. Nicky Parsons, qui joue un double jeu, l'aide à rechercher la vérité sur le projet Blackbriar, dont Bourne fut le premier maillon.