Tom, un petit garçon, vit chez Ferdinand et Juliette, ses parents adoptifs, avec Lili, leur petite voisine. Un beau jour, les grenouilles du voisinage, sentant qu'un déluge se prépare, préviennent les humains pour que ceux-ci puissent se protéger. Ferdinand décide d'organiser les choses. Avec sa famille, il sauve les animaux du zoo et tout le monde se réunit dans la grange. Comme prévu, l'orage éclate et l'eau monte peu à peu. Emportée par les flots, la grange se retrouve bientôt à errer au milieu d'un gigantesque océan. Ferdinand, bien décidé à protéger toutes les espèces, ordonne aux carnivores de changer de régime alimentaire..