Plusieurs années après la propagation d'un virus dévastateur qui a anéanti la majeure partie de l'humanité, une nation composée de nombreux singes génétiquement évolués apparaît, dirigée par le chimpanzé César. Mais elle est bientôt menacée par un groupe d'humains survivants. Parmi eux, Malcolm, un homme qui aspire à la paix entre les deux espèces, est en conflit avec le martial Dreyfus, soucieux de préserver coûte que coûte la survie de l'être humain. Malgré une courte trêve, les singes et les hommes s'apprêtent à se livrer une guerre sans merci. Un affrontement à l'issue duquel régnera une seule et unique espèce dominante sur Terre.