Le corps d'un homme flotte sur la Méditerranée déchaînée. Repêché par les marins du bateau l'Aventura, le naufragé est incapable de se souvenir de son nom. Ramené à Marseille, il découvre un microfilm placé sous sa peau et apprend qu'il s'appelle Jason Bourne. Le document, qui contient un numéro de compte en Suisse, est la seule piste à laquelle il peut se raccrocher. Jason traverse alors l'Europe en direction de la Confédération helvétique. Mais son parcours est semé d'embûches, et le jeune homme ne tarde pas à comprendre qu'il est poursuivi par les forces de police, mais également par une organisation dont il ne parvient pas à comprendre les motivations profondes...