1944 en Europe. Les nazis font appel au sorcier Raspoutine pour tenter de renverser l'issue du conflit. Celui-ci doit invoquer une entité maléfique qui travaillerait pour les nazis. Les Alliés font échouer l'opération et le professeur Broom recueille un enfant échappé des enfers qu'il baptise Hellboy. Des années plus tard, Hellboy, en compagnie du mutant Abe Sapien, travaille pour le compte du professeur Broom et du gouvernement américain. Les deux agents sont envoyés en mission secrète pour retrouver le démon Sammael, qui a été libéré par Raspoutine. Mais Hellboy, malgré son physique hors norme, a également des problèmes de coeur...