En 2029, le monde, ainsi que l'âme humaine, sont contrôlés par Internet. Motoko Kusagani, une cyberpolicière, et Batou, deux cyborgs appartenant à la section 9, anti-terroriste, doivent mettre la main sur un hacker mystérieux en contact avec un diplomate corrompu. Celui-ci est suspecté d'être à la tête d'un très lucratif trafic d'armes. La section 6, s'intéresse également au programmateur informatique dans le cadre du mystérieux « projet 2501 » et met des bâtons dans les roues du duo. Motoko décide d'investir le corps du pirate pour atteindre son âme et ainsi répondre à ses propres question existentielles. Inspiré du manga de Masamune Shirow, ce film d'animation, par son caractère visionnaire, reste un monument du genre. (Source : Orange cinéma séries).