Les hommes du G.I. Joe sont accusés à tort d'avoir volé des têtes nucléaires au Pakistan. L'accusation, très grave, est émise par le président des Etats-Unis lui-même, qui démantèle aussitôt l'équipe au cours d'une opération militaire meurtrière. Mais le gouvernement a été infiltré : sous l'apparence du président se cache en fait l'infâme Zartan, qui a enfin pu se débarrasser de ses pires ennemis. La planète est au bord d'un cataclysme. Mais trois membres des G.I. Joe ont survécu, Roadblock, lady Jaye et Flint. Sans l'aide de personne, ils montent une riposte clandestine et font alors appel au colonel Joe Colton, celui qui a donné son nom à la troupe d'élite.