Quelques mois après l'épidémie de Diphtérie enrayée, Balto et Jenna sont les heureux parents de six petits chiots. Néanmoins, même si cinq des chiots ressemblent à leur mère, un des enfants à l'apparence du chien-loup. Six semaines après la naissance des chiots, ils sont donnés aux enfants du quartier à contre-c?ur par les deux parents. Mais Aleu n'est accepté par personne du fait de son apparence de loup et reste avec ses parents. Un an après, un chasseur manque de tuer la fille de Balto et celui-ci est obligé de lui avouer le regard des gens sur elle. N'acceptant pas cet héritage, elle s'enfuit pour trouver sa place dans le monde et son père part à sa recherche, hanté par les cauchemars d'un corbeau et d'une meute de loup.