Dave, les Chipmunks et les Chipettes sont ravis d'apprendre qu'ils vont participer aux célèbres «International Music Awards». Mais auparavant, ils décident de s'offrir une croisière sous les tropiques. Malheureusement, ils n'en profitent pas bien longtemps. A force de bêtises, leur bateau échoue sur une île apparemment déserte. Perdu, Dave fait de son mieux pour retrouver ses amis. Lorsque les Chipmunks se lancent à la recherche de nourriture, ils font la connaissance d'une autre naufragée, Zoé, qui vit dur l'île depuis huit ans et qui a des amis imaginaires. Elle va tous les entraîner dans de passionnantes aventures.