Alice est de retour après plus trois années à sillonner les mers. Après une soirée passée à Londres, elle retrouve le papillon Absolem et le suit, traversant un miroir pour regagner le Pays des merveilles. Là, elle apprend que son ami le Chapelier fou est au plus mal. Aidée par ses amis, elle décide de lui prêter main-forte. Elle découvre alors que le Maître du temps, qui peut compter sur sa soeur, la perfide Reine rouge, veut faire régner sa loi dans le royaume. Soutenue par Mirana, la Reine blanche, Alice va tout faire pour mettre celui-ci hors d'état de nuire. Pour parvenir à ses fins, elle doit récupérer un sceptre magique qui lui permettra de remonter le temps.