En 2977, la galaxie est sous la coupe de la Coalition corrompue de Gaia. Albator est le seul homme à se révolter et à oser défier celle-ci. Le pirate de l'espace, balafré et au bandeau sur l'oeil, parcourt inlassablement l'univers dans son croiseur de bataille, l'Arcadia, à la recherche de navires ennemis à piller. Lassé des pertes subies par sa flotte, Ezra, le chef de Gaia, pense avoir trouvé le piège ultime pour se débarrasser de son ennemi. Il charge son jeune frère Logan d'embarquer sur le vaisseau avec pour mission d'en assassiner le capitaine. Mais Logan finit par ouvrir les yeux et embrasse la cause d'Albator, son nouveau mentor.