Ere Meiji, Japon, dans une petite ville portuaire. Kosame Isshiki est un génial professeur de Karakuri dans un dojo. Voilà qu'il se voit confier la garde d'un jeune inventeur fêlé, Appare Sorano. Celui-ci, emprisonné pour une invention qui a mal tourné, s'évade de prison, provoquant la colère des autorités locales. Kosame le suit dans une grotte située sous son atelier...