Avec sa montre, Nathan a le pouvoir de voir les Yo-kai, ces esprits présents partout, mais invisibles aux yeux des hommes. Mais une nuit, sa montre disparaît. Avec ses amis Whisper et Jibanyan, le garçon finit par comprendre que les Perfides, des fantômes malveillants ont réussi à remonter le temps et changer le cours des événements. La montre n'existe plus, car le grand-père de Nathan ne l'a plus inventée. Afin de sauver le monde et les gens qu'il aime, menacés par les Perfides, Nathan décide alors de retourner dans le passé pour essayer de le corriger. Là, il fait la connaissance de Nathaniel, son grand-père.