Stuart Little se sent un peu seul depuis que George, qui est comme un frère pour lui, commence à préférer jouer avec ses copains d'école plutôt qu'avec lui. Mais un jour, alors qu'il rentre au volant de sa voiture décapotable miniature, Margalo, une jolie femelle canari poursuivie par un faucon, atterrit sur son siège avant. Stuart se charge efficacement de semer le poursuivant et ramène l'oiselle chez les Little où elle est bien accueillie. Stuart a enfin trouvé quelqu'un à qui se confier véritablement et qui comprend son besoin d'aventure. Mais le faucon oblige Margalo à voler une des bagues précieuses de madame Little, puis à prendre la fuite..