Numéro 9 ouvre les yeux dans un monde où les humains ont disparu. Il y rencontre Numéro 2, qui lui révèle l'existence d'une communauté de créatures comme lui, mais son ami est emporté par la Bête, une machine. Numéro 9 va convaincre le reste de la communauté de quitter sa cachette et d'attaquer les machines...