Naruto est à la poursuite de Mukade, le ninja marionettiste. L'affrontement le conduit vingt ans en arrière dans un autre espace-temps, dans un royaume constitué de gigantesques tours au milieu du désert. Dans cet univers, il doit venir en aide à une reine menacée par Mukade. Pour mener à bien sa mission, il bénéficie du soutien de son père, le quatrième Hokage.