Seize ans après l'attaque de Kyûbi, le démon à neuf queues, les habitants de Konoha sont aux prises avec l'Akatsuki, toujours désireux de s'emparer du plus puissant des Bijûs. Tobi, l'homme masqué, parvient à piéger Naruto et Sakura dans un univers parallèle où les personnalités et les situations sont bouleversées.