Désabusé et diminué, Logan veille sur le professeur Xavier dans un refuge isolé près de la frontière mexicaine. Le superhéros aux griffes d'adamantium veut à tout prix protéger le chef de X-Men. C'est alors qu'il croise le chemin de la petite Laura, 11 ans, qui a le même pouvoir que lui. En raison de son jeune âge, elle ne parvient pas à maîtriser son don. Logan décide de prendre Laura sous son aile. Donald Pierce, qui travaille pour le docteur Zander Rice, veut mettre la main sur l'enfant pour en faire un cobaye. En compagnie du professeur Xavier, Logan va devoir sortir de sa retraite et fuir leurs poursuivants en direction d'un lieu appelé Eden...