Wonder Woman, Harley Quinn, Poison Ivy, Supergirl, Batgirl, Katana et Bumblebee, les super héroïnes, viennent d'apprendre qu'une nouvelle école a ouvert ses portes. Construite au bord de l'eau, elle est supposée donner des cours aux prochains super héros amenés à sauver le monde. L'enquête du groupe révèle une tout autre vérité : l'établissement forme en fait des super méchants, qui rêvent de régner sur la planète. Toutes ensembles, les jeunes filles tentent de mettre un terme à cette machination de grande envergure...