Jim Hawkins, quinze ans, souffre de l'absence de son père et rêve de pouvoir accomplir des choses extraordinaires. Il vit avec sa mère dans une ville portuaire un peu trop tranquille à son goût. Un jour, il rencontre Billy Bones, un homme gravement blessé qui, avant de mourir, lui confie la carte du «Trésor des Mille Mondes». Il décide de partir à l'aventure avec l'étrange équipage d'un galion de l'espace, le RLS Legacy, dirigé par le docteur Doppler. Jim est intégré comme mousse. Son ami, le cyborg cuisinier John Silver, lui donne des conseils pour devenir un navigateur aguerri. Entre les trous noirs et les super-novas, leur voyage est semé d'embûches..