Mamoru, un jeune homme mystérieux, vit avec une méduse mortellement dangereuse. Il l'acclimate peu à peu à l'eau douce, dans le but de la relâcher dans le fleuve qui traverse Tokyo, et passe le reste de son temps avec son ami Yûji, un personnage singulier, qui travaille dans la même usine que lui. Lorsque leur patron, pour oublier son morne quotidien, commence à se montrer un peu trop envahissant, Mamoru et Yûji décident de s'en débarrasser. Mamoru s'en charge avant son collègue et se retrouve en prison. Pendant l'absence de Mamoru, Yûji accepte de s'occuper de la méduse, et sympathise peu à peu avec le père de Mamoru, qui l'aide à se découvrir et à s'ouvrir au monde et à la vie..