Au Kazakhstan, le capitaine Duke Hauser et son ami Ripcord, chargés de transporter une arme de haute technologie de la société Mars, sont attaqués par la baronne Anastasia DeCobray et ses acolytes de l'organisation terroriste Cobra, lourdement armés. Les deux hommes sont sauvés in extremis par une unité d'élite, les G.I. Joe, qu'ils intègrent après un entraînement intensif. Sous les ordres du général Hawk, Hauser et Ripcord sont affectés à un commando qui doit retrouver la dangereuse arme avant que les hommes de Cobra ne s'en servent pour mener une attaque terroriste. Hauser, Ripcord et leurs acolytes des G.I. Joe, Scarlett, Breaker et Storme Shadow, se retrouvent à Paris sur les traces de la baronne Anastasia et des hommes de Cobra.