L'Evangelion 02 d'Asuka Shikinami Langley et le 05 piloté par la mystérieuse Mari Makinami, font leur apparition. Face à la menace pressante de Gendo et la Nerv, Shinji est poussé dans ses derniers retranchements. Pour venir en aide à son ami Rei, Shinji pilote son propre Eva et emmène sa propre existence jusqu'au point de rupture. Le Troisième Impact a commencé...