Depuis des millénaires, les chats et les chiens se livrent une guerre sans merci, à l'insu de leurs bien naïfs compagnons humains. Le professeur Brody, qui adore les chiens, travaille sur un vaccin contre les allergies aux poils de canidés. Cette initiative ne plaît pas vraiment à Tinkles, un chat persan mégalomane qui rêve de dresser toute l'humanité contre les chiens. Les complices de Tinkles enlèvent le chien des Brody qui est remplacé par Lou, un jeune chiot maladroit, mais protégé par Butch, un molosse à la tête d'une organisation d'agents secrets canins chargée de contrer les manigances félines, ce qui n'est pas de tout repos...