Après avoir forcé leur ancien chef à se suicider, Shin est promu commandant des Chevaliers de Saint-Michel. Pendant ce temps, l'unité wZero tombe dans une embuscade dirigée par Shin, le frère d'Akito. Mais ce dernier parvient, grâce à son Geass, à repousser l'assaut adverse. Au même moment, un étrange convoi entre en gare de St-Pétersbourg, avec à son bord un homme dont le visage reste caché.