A Londres, au XIXe siècle. Flaversham, rongeur et fabricant de jouets honnête, coule des jours heureux avec Olivia, sa fille. C'est alors que l'humble artisan est enlevé par une chauve-souris. Désespérée, Olivia s'adresse au légendaire détective Basil et à son assistant, le docteur Dawson. Basil, attendri par les larmes de la jeune souris, décide de mener l'enquête. Celle-ci va le conduire promptement sur les traces de son ennemi de toujours : le professeur Ratigan. Ce rat aux obscurs projets, qui aspire à devenir une souris, est bien à l'origine du rapt. L'affaire se complique singulièrement, car le crime est lié à un complot contre la couronne. Mais Basil veille au grain..