La Terre, au XXVe siècle, n'offre plus qu'une vision apocalyptique à ses rares habitants. En effet, la quasi-totalité de la population mondiale a été décimée par une étrange maladie. Seuls les habitants de Bregna, une ville fortifiée très moderne, dirigée par un groupe de scientifiques autoritaires, semblent avoir résisté. Sous terre, les Monican, des rebelles qui ont, eux aussi, survécu au fléau, oeuvrent pour s'emparer un jour du pouvoir. Conduits par The Handler, ils projettent d'assassiner un des plus hauts dirigeants de Bregna. C'est Aeon Flux, leur meilleur élément, qui est chargée de mener à bien cette périlleuse mission...